No presente trabalho estimou-se a relação benefício-custo de estratégias diferentes de controle do cancro cítrico (a prevenção e erradicação ou manejo) no estado de São Paulo, onde a citricultura é uma das principais culturas agrícolas em produção e emprego. O índice de talhões contaminados com cancro cítrico aumentou 893% entre 2009 e 2012, logo após mudanças na legislação paulista de controle da doença, o que justifica a importância de analisar seus impactos econômicos, dado que o manejo da doença tem grande relevância econômica. Adota-se a Análise Benefício-Custo como instrumento para, ao identificar os custos e benefícios mais expressivos para o produtor rural, comparar a variação na produção e nos custos de produção. Para tanto, são simulados cenários de prevenção, controle ou manejo com expansão da doença, em um horizonte de 20 anos. Os resultados apontam vantagens econômicas em manter o cancro cítrico sob controle no estado de São Paulo, ou seja, sob níveis mais baixos de incidência, demonstrando que o manejo com expansão da doença no médio e longo prazos apresenta relação benefício-custo significativamente inferior à prevenção e controle da doença com erradicação rigorosa dos focos da doença.